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著書・訳書（日本語）
  * [[https://www.amazon.co.jp/dp/4780909368|『ImageJではじめる生物画像解析』（2016）]] 三浦耕太・塚田祐基　編著　学研秀潤社
  * [[https://www.amazon.co.jp/dp/4815730121|『デジタル細胞生物学』（2021）]] ステファン・J・ロイル著、三浦耕太・塚田祐基訳　メディカルサイエンスインターナショナル
  * [[https://www.amazon.co.jp/dp/4758122806|『型で実践する生物画像解析　ImageJ・Python・napari』（2025）]] 三浦耕太・塚田祐基 編著　羊土社

日本語ドキュメント 内部リンク
  * [[documents:120925gifu|「画像科学」夏の勉強会 岐阜 (2012)　]]
  * [[documents:130800snb|少数性生物学ワークショップ 大阪 (2013)]]

日本語ドキュメント　外部リンク
  * [[https://www.jstage.jst.go.jp/article/biophys/51/2/51_2_104/_pdf| 「海外だより 分子・細胞イメージングセンターのこと」 「生物物理」2011 年 51 巻 2 号 p. 104-105]]
  * [[https://www.dropbox.com/s/m4wrcp1t3xixatb/myownliberalarts_kotamiura.pdf?dl=0|「私にとってのリベラルアーツ教育の意味」 2014年2月25日 於 国際文化会館]]
  * [[https://www.jstage.jst.go.jp/article/biophys/61/1/61_040/_article/-char/ja/|「生物画像解析のネットワーク」「生物物理」2021 年 61 巻 1 号 p. 040-041]]

日本語チュートリアルなど
  * [[https://sites.google.com/site/imagejjp/articles/jython-basics|Jythonの基礎]]
  * [[https://sites.google.com/site/imagejjp/articles/session3_3dviewer|3Dviewerをスクリプトで動かす・録画する]]


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