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 +====== CMCI seminar 2.0 ======
  
 +The CMCI Image Analysis Seminar aims at promoting interaction among image analysts in EMBL and the exchanges of information among them. To join, please send a mail to Kota (miura@embl.de). ​
 +
 +For older seminars from 2006 to 2013, please refer to [[http://​cmci.embl.de/​mainpages/​seminars|this page]].
 +
 +===== Rules =====
 +
 +  * All participants should give talks alternately.
 +  * No participation as an observer, should be listed as a speaker. ​
 +  * Two people will give 30 minutes takes each on Wednesday during 15:45 - 17:00.
 +  * Every three weeks.
 +
 +===== Topics =====
 +
 +Four types of talk, choose one for your talk. 
 +
 +  - "Look, I did a great image analysis job" seminar.
 +  - "​I'​m doing badly on this image. Please help" seminar.
 +  - "I don't know if my image analysis is good or bad. Please comment"​ seminar. ​
 +  - "I have not much to say so I read a paper" seminar. ​
 +
 +===== Organizers =====
 +
 +  - Luis Pedro Coelho
 +  - Christoph Schiklenk
 +  - Antonio Politi
 +  - Kota Miura
 + 
 +===== Schedule =====
 +
 +<​markdown>​
 +| Date       | Talk Title                                                                                                                                                       | First Name                            | Last Name                    | unit          | moderator ​           |
 +|------------|------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------|---------------------------------------|------------------------------|---------------|----------------------|
 +| 6/​18/​2014 ​ | kick-off / Evaluation Methods for Segmentation ​                                                                                                                  | Kota                                  | Miura                        | EMBL Centres ​ |                      |
 +| 6/​18/​2014 ​ | A semi-automated image processing pipeline for measurement of chromosome loci distance over time                                                                 | Christoph ​                            | Schiklenk ​                   | CBB           ​| ​                     |
 +| 7/​2/​2014 ​  | Analysis of the cell lineage of Platynereis brain                                                                                                                | Pavel                                 | Vopalensky ​                  | DB            |                      |
 +| 7/​2/​2014 ​  | Classification of images of mixed communities ​                                                                                                                   | Luis Pedro                            | Coelho ​                      | SCB           ​| ​                     |
 +| 7/​23/​2014 ​ | tentative title: How to determinine the molecular architecture of the exocyst complex by light microscopy ​                                                 | Andrea ​                               | Picco                        | CBB           ​| ​                     |
 +| 7/​23/​2014 ​ | TBA                                                                                                                                                              | Volker ​                               | Hilsenstein ​                 | Core Facility |                      |
 +| 9/​3/​2014 ​  | Quantifying COPII coat turnover at ER-exit sites with automated FRAP                                                                                             | Aliaksandr ​                           | Halavatyi ​                   | CBB           ​| ​                     |
 +| 9/​3/​2014 ​  | Contraction waves at cell division - measuring cell shape changes ​                                                                                               | Johanna ​                              | Bischof ​                     | CBB           ​| ​                     |
 +| 9/​24/​2014 ​ | Chromosome tracking in starfish oocyte ​                                                                                                                          | Mariia ​                               | Burdyniuk ​                   | CBB           ​| ​                     |
 +| 9/​24/​2014 ​ | Towards an in silico model of the dividing human cell                                                                                                            | Julius ​                               | Hossain ​                     | CBB           ​| ​                     |
 +| 10/15/2014 | Dealing with SPIM data: multi-view registration and fusion methods ​                                                                                              | Balázs ​                               | Bálint ​                      | CBB           ​| ​                     |
 +| 10/15/2014 | Quantification of cell shape dynamics and optogenetic activation efficiency to study a light-perturbed morphogenetic process ​                                    | Joe                                   | Barry                        | GB            |                      |
 +| 11/12/2014 | Complex experiments made easy: how to automate your microscopy pipeline ​                                                                                         | Antonio ​                              | Politi ​                      | CBB           | Christof Schiklenk ​  |
 +| 11/12/2014 |  Role of cytoskeleton in morphological changes of blood platelets. ​                                                                                              | Aastha ​                               | Mathur ​                      | CBB           | Christof Schiklenk ​  |
 +| 11/26/2014 | Unsupervised modelling of ""​Mitotic Standard Time""​ for automatic analysis of human mitotic protein spatio-temporal distribution dynamics during cell division"​ | Yin                                   | Cai                          | CBB           | Antonio Politi ​      |
 +| 11/26/2014 | gitter: a robust and accurate method for quantification of colony sizes from plate images ​                                                                       | Omar                                  | Wagih                        | EBI           | Antonio Politi ​      |
 +| 12/17/2014 | Considerations on Quantitative Intensity Measurements ​                                                                                                           | Christian ​                            | Tischer ​                     | Core Facility | Kota Miura           |
 +| 12/17/2014 | A Semi-Automatic Quantification method for observing the heterogeneity in re-replication patterns in fission yeast                                               | Nickolaos ​                            | Giakoumakis ​                 | visitor ​      | Kota Miura           |
 +| 1/​14/​2015 ​ | How to measure distances between centrioles and membranes? ​                                                                                                      | Joana                                 | Pinto                        | CBB           | Luis Pedro Coelho ​   |
 +| 1/​14/​2015 ​ | Bioimage Information Index: Why and How                                                                                                                          | Kota                                  | Miura                        | CBB           | Luis Pedro Coelho ​   |
 +| 2/​11/​2015 ​ | Techniques of the velocimetry ​                                                                                                                                  | Ritsuya  ​ | Niwayama  ​ | DB         | Christof Schiklenk | ​
 +| 2/​11/​2015 ​ | 2D tracking routine for following densely spaced objects the tracking and the segmentation in 3D | Wani                                  | Xiang                        | CBB           | Christof Schiklenk ​  |
 +| 2/​25/​2015 ​ | TBA                                                                                                                                                                 | Nike                                  | Walther ​                     | CBB           | Antonio Politi ​      |
 +| 2/​25/​2015 ​ | From Matlab and ImageJ to Python - How and why I made the transition and how good or bad is python for image processing (discussion ​                             | Petr                                  | Strnad ​                      | CBB           | Antonio Politi ​      |
 +| 3/​18/​2015 ​ | Individuals in the collective: towards the quantification of single cell shape changes during ​ morphogenetic movement coordination ​                              | Emiliano ​                             | Izquierdo ​                   | DB            | Kota Miura           |
 +| 3/​18/​2015 ​ | 3D superresolution microscopy by supercritical angle detection ​                                                                                                  | Joran                                 | Deschamps ​                   | CBB           | Kota Miura           |
 +| 4/​15/​2015 ​ | FluoQ – an ImageJ macro for rapid analysis of multiparameter fluorescence imaging data                                                                           | Frank                                 | Stein                        | CBB           | Luis Pedro Coelho ​   |
 +| 4/​15/​2015 ​ | Grid pattern detection ​ during a CLEM workflow (and little bit of Knime). ​                                                                                       | José Miguel ​                          | Serra Lleti                  | CBB           | Luis Pedro Coelho ​   |
 +| 4/​29/​2015 ​ | Sorting and Imaging of Fluorescent Cells Encapsulated in Microfluidics Droplets ​                                                                                 | Hongxing ​                             | Hu                           | GB            | Christof Schiklenk ​  |
 +| 4/​29/​2015 ​ | Population Image Analysis ​                                                                                                                                       | Leopold ​                              | Parts                        | GB            | Christof Schiklenk ​  |
 +| 5/​20/​2015 ​ | Iris: expanding the palette of microbial phenotypic readouts ​                                                                                                    | George ​                               | Kritikos ​                    | GB            | Aliaksandr Halavatyi |
 +| 5/​27/​2015 ​ | Single-cell resolution atlas of gene expression for comparative Evo-Devo a zebrafish light sheet microscope. ​                                                  | Hernando Martinez ​                    | Vergara ​                     | DB            | Aliaksandr Halavatyi |
 +| 6/​10/​2015 ​ | Image analysis for zSPIM                                                                                                                                       ​| ​  ​Nils ​                        | Norin         | CBB                  | Kota Miura |                    | 
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