mcib3d.ext

Class Imod

java.lang.Object

mcib3d.ext.Imod

public class Imod
extends java.lang.Object

Interface pour imod

Constructor Summary

Constructors

Constructor and Description
Imod() Constructor for the Imod object

Method Summary

Modifier and Type	Method and Description
void	Align() Description of the Method
void	Align2() Description of the Method
void	Align2(java.lang.String tmp) Description of the Method
void	CopyTomocoms() Description of the Method
void	CreateXf(double[] angles, double[] shiftX, double[] shiftY, java.lang.String name) Constructor for the CreateXf object
void	CreateXf(double angle, double[][] shift, int nbima, java.lang.String name) Create a Xf file for a given angle of rotation and shifts
void	CreateXf(double angle, int nbima, java.lang.String name) Description of the Method
void	EcritFichierAngles(int nbimage) Description of the Method
void	EcritFichierAngles(int nbimage, java.lang.String tmp) Création du fichier d'angles
void	EcritFichierParams() Description of the Method
void	EcritFichierParams(java.lang.String Tmp) Création du fichier de param�res pour copytomocoms
void	EcritFichierXTilt(int nbimage, double xtilt, java.lang.String tmp) Création du fichier d'angles
void	Eraser2() Description of the Method
double[][]	ExtractShiftsFromXG(java.lang.String tmp, java.lang.String serie, int nbima) Description of the Method
void	GetAngleFromAlign(int nbimage) Description of the Method
void	GetAngleFromAlign(int nbimage, java.lang.String tmp) Lit le fichier align.log pour extraire l'axe de tilt calcul� *
ImodConf	getConf() Gets the conf attribute of the Imod object
java.lang.String	getRepertoireTmp() Gets the repertoireTmp attribute of the Imod object
void	Newst2() Description of the Method
void	Newst2(java.lang.String tmp) Création d'un fichier newst2.com (correction du bug ,10)
void	Prenewst() Description of the Method
void	Raw2MRC(java.lang.String nomRaw, java.lang.String nomMRC, int largeur, int hauteur, int nbimage, java.lang.String stype) Description of the Method
void	RecShift() Description of the Method
void	Sample() Description of the Method
void	setConf(ImodConf c) Sets the conf attribute of the Imod object
void	setRepertoireScripts(java.lang.String rep) Sets the repertoireScripts attribute of the ImodConf object
void	setRepertoireTmp(java.lang.String rep) Sets the repertoireTmp attribute of the ImodConf object
boolean	TestFichierAngles(int nbimage) Description of the Method
boolean	TestFichierAngles(int nbimage, java.lang.String tmp) Description of the Method
void	Tilt2() Description of the Method
void	Tilt2(java.lang.String tmp) Création d'un fichier tilt2.com (mode parallel et type 2)
void	TiltShift() Description of the Method
void	TiltShift(java.lang.String tmp) Création du fichier tilt pour le calcul du shift
void	Tomopitch() Description of the Method
void	TomopitchInfo() Description of the Method
void	TomopitchInfo(java.lang.String tmp) Description of the Method
void	Track() Description of the Method
void	Track2(java.lang.String tmp) Creation d'un fichier track2.com (correction du bug pour les version 3)
void	visu(java.lang.String nom) Description of the Method
void	visu(java.lang.String nom, java.lang.String model) Description of the Method
void	visu(java.lang.String a, java.lang.String b, java.lang.String c, java.lang.String d) Description of the Method
void	Xcorr() Description of the Method

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

Constructor Detail

Imod

public Imod()

Constructor for the Imod object

Method Detail

setConf

public void setConf(ImodConf c)

Sets the conf attribute of the Imod object

Parameters:

c - The new conf value

setRepertoireTmp

public void setRepertoireTmp(java.lang.String rep)

Sets the repertoireTmp attribute of the ImodConf object

Parameters:

rep - The new repertoireTmp value

getRepertoireTmp

public java.lang.String getRepertoireTmp()

Gets the repertoireTmp attribute of the Imod object

Returns:

The repertoireTmp value

getConf

public ImodConf getConf()

Gets the conf attribute of the Imod object

Returns:

The conf value

setRepertoireScripts

public void setRepertoireScripts(java.lang.String rep)

Sets the repertoireScripts attribute of the ImodConf object

Parameters:

rep - The new repertoireScripts value

EcritFichierParams

public void EcritFichierParams(java.lang.String Tmp)

Création du fichier de param�res pour copytomocoms

Parameters:

Tmp - Description of the Parameter

EcritFichierParams

public void EcritFichierParams()

Description of the Method

EcritFichierAngles

public void EcritFichierAngles(int nbimage)

Description of the Method

Parameters:

nbimage - Description of the Parameter

EcritFichierAngles

public void EcritFichierAngles(int nbimage,
                               java.lang.String tmp)

Création du fichier d'angles

Parameters:

nbimage - Description of the Parameter

tmp - Description of the Parameter

EcritFichierXTilt

public void EcritFichierXTilt(int nbimage,
                              double xtilt,
                              java.lang.String tmp)

Création du fichier d'angles

Parameters:

nbimage - Description of the Parameter

tmp - Description of the Parameter

xtilt - Description of the Parameter

TestFichierAngles

public boolean TestFichierAngles(int nbimage)

Description of the Method

Parameters:

nbimage - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

TestFichierAngles

public boolean TestFichierAngles(int nbimage,
                                 java.lang.String tmp)

Description of the Method

Parameters:

nbimage - Description of the Parameter

tmp - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

GetAngleFromAlign

public void GetAngleFromAlign(int nbimage,
                              java.lang.String tmp)

Lit le fichier align.log pour extraire l'axe de tilt calcul� *

Parameters:

nbimage - Description of the Parameter

tmp - Description of the Parameter

GetAngleFromAlign

public void GetAngleFromAlign(int nbimage)

Description of the Method

Parameters:

nbimage - Description of the Parameter

Tomopitch

public void Tomopitch()

Description of the Method

TomopitchInfo

public void TomopitchInfo()

Description of the Method

TomopitchInfo

public void TomopitchInfo(java.lang.String tmp)

Description of the Method

Parameters:

tmp - Description of the Parameter

Newst2

public void Newst2()

Description of the Method

Newst2

public void Newst2(java.lang.String tmp)

Création d'un fichier newst2.com (correction du bug ,10)

Parameters:

tmp - Description of the Parameter

Track2

public void Track2(java.lang.String tmp)

Creation d'un fichier track2.com (correction du bug pour les version 3)

Parameters:

tmp - Description of the Parameter

Tilt2

public void Tilt2()

Description of the Method

Tilt2

public void Tilt2(java.lang.String tmp)

Création d'un fichier tilt2.com (mode parallel et type 2)

Parameters:

tmp - Description of the Parameter

Align2

public void Align2()

Description of the Method

Align2

public void Align2(java.lang.String tmp)

Description of the Method

Parameters:

tmp - Description of the Parameter

Sample

public void Sample()

Description of the Method

RecShift

public void RecShift()

Description of the Method

TiltShift

public void TiltShift()

Description of the Method

TiltShift

public void TiltShift(java.lang.String tmp)

Création du fichier tilt pour le calcul du shift

Parameters:

tmp - Description of the Parameter

CreateXf

public void CreateXf(double[] angles,
                     double[] shiftX,
                     double[] shiftY,
                     java.lang.String name)

Constructor for the CreateXf object

Parameters:

angles - Description of the Parameter

name - Description of the Parameter

shiftX - Description of the Parameter

shiftY - Description of the Parameter

CreateXf

public void CreateXf(double angle,
                     double[][] shift,
                     int nbima,
                     java.lang.String name)

Create a Xf file for a given angle of rotation and shifts

Parameters:

name - filename

angle - angle of rotation

nbima - number of image

shift - Description of the Parameter

CreateXf

public void CreateXf(double angle,
                     int nbima,
                     java.lang.String name)

Description of the Method

Parameters:

angle - Description of the Parameter

nbima - Description of the Parameter

name - Description of the Parameter

ExtractShiftsFromXG

public double[][] ExtractShiftsFromXG(java.lang.String tmp,
                                      java.lang.String serie,
                                      int nbima)

Description of the Method

Parameters:

tmp - Description of the Parameter

serie - Description of the Parameter

nbima - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

Eraser2

public void Eraser2()

Description of the Method

Raw2MRC

public void Raw2MRC(java.lang.String nomRaw,
                    java.lang.String nomMRC,
                    int largeur,
                    int hauteur,
                    int nbimage,
                    java.lang.String stype)

Description of the Method

Parameters:

nomRaw - Description of the Parameter

nomMRC - Description of the Parameter

largeur - Description of the Parameter

hauteur - Description of the Parameter

nbimage - Description of the Parameter

stype - Description of the Parameter

CopyTomocoms

public void CopyTomocoms()

Description of the Method

Xcorr

public void Xcorr()

Description of the Method

Prenewst

public void Prenewst()

Description of the Method

Track

public void Track()

Description of the Method

Align

public void Align()

Description of the Method

visu

public void visu(java.lang.String nom,
                 java.lang.String model)

Description of the Method

Parameters:

nom - Description of the Parameter

model - Description of the Parameter

visu

public void visu(java.lang.String a,
                 java.lang.String b,
                 java.lang.String c,
                 java.lang.String d)

Description of the Method

Parameters:

a - Description of the Parameter

b - Description of the Parameter

c - Description of the Parameter

d - Description of the Parameter

visu

public void visu(java.lang.String nom)

Description of the Method

Parameters:

nom - Description of the Parameter