ij3d.image3d
Class ColorImage3D

java.lang.Object
  ij3d.image3d.ColorImage3D

public class ColorImage3D
extends java.lang.Object

IntImage3D implemente la classe Image3D pour une utilisation avec des images contenant de valeurs entieres

Author:

Thomas BOUDIER & Cedric MESSAOUDI

Field Summary

protected double[]	BLUE Description of the Field
protected IntImage3D[]	couleur Description of the Field
protected double[]	GREEN Description of the Field
protected int	nbdecouleur Description of the Field
protected double[]	RED Description of the Field
protected int	sizex Description of the Field
protected int	sizey Description of the Field
protected int	sizez Description of the Field
static java.lang.String[]	tabcolor Description of the Field

Constructor Summary

ColorImage3D()
constructeur d'un volume vide attention rien dedans maximum de couleur

ColorImage3D(int nbcolor)
constructeur d'un volume vide attention rien dedans nombre de couleur fourni

ColorImage3D(int sizex, int sizey, int sizez)
constructeur d'un volume vide (noir)

ColorImage3D(int sizex, int sizey, int sizez, int nbcolor)
constructeur d'un volume vide (noir)

Method Summary

boolean	addColor(ij.ImageStack img) ajoute une couleur a l'image3D si c'est possible
boolean	addColor(IntImage3D img) ajoute une couleur a l'image3D si c'est possible
ColorImage3D	binarisation(double seuil1, double seuil2) Description of the Method
void	extendHisto() extension de l'histogramme sur chaque couleur
ColorImage3D	fermeture3D(int vx, int vy, int vz, int ite, boolean inverse) Fermeture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	getColor(java.lang.String col) recupere une couleur donnee a l'image3D
int	getNbColor() Gets the nbColor attribute of the ColorImage3D object
int	getSizex() Gets the sizex attribute of the ColorImage3D object
int	getSizey() Gets the sizey attribute of the ColorImage3D object
int	getSizez() Gets the sizez attribute of the ColorImage3D object
ij.ImageStack	getStack() recupere l'Image3D comme une ImageStack
ColorImage3D	medianFilter(int voisx, int voisy, int voisz) filtre le volume grace a un filtre median 3D
ColorImage3D	ouverture3D(int vx, int vy, int vz, int ite, boolean inverse) Ouverture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc
ColorImage3D	RH_Maxima(int R, int H) Description of the Method
void	setColor(ij.ImageStack img, java.lang.String col) met une couleur donnee a l'image3D
void	setColor(IntImage3D img, java.lang.String col) met une couleur donnee a l'image3D
int[]	snr3D() Description of the Method
ColorImage3D	tophatFilter(int voisx, int voisy, int voisz) Description of the Method

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

Field Detail

tabcolor

public static final java.lang.String[] tabcolor

Description of the Field

RED

protected final double[] RED

Description of the Field

GREEN

protected final double[] GREEN

Description of the Field

BLUE

protected final double[] BLUE

Description of the Field

nbdecouleur

protected int nbdecouleur

Description of the Field

couleur

protected IntImage3D[] couleur

Description of the Field

sizex

protected int sizex

Description of the Field

sizey

protected int sizey

Description of the Field

sizez

protected int sizez

Description of the Field

Constructor Detail

ColorImage3D

public ColorImage3D()

constructeur d'un volume vide attention rien dedans maximum de couleur

ColorImage3D

public ColorImage3D(int nbcolor)

constructeur d'un volume vide attention rien dedans nombre de couleur fourni

Parameters:

nbcolor - nombre de couleur

ColorImage3D

public ColorImage3D(int sizex,
                    int sizey,
                    int sizez)

constructeur d'un volume vide (noir)

Parameters:

sizex - taille du volume en x

sizey - taille du volume en y

sizez - taille du volume en z

ColorImage3D

public ColorImage3D(int sizex,
                    int sizey,
                    int sizez,
                    int nbcolor)

constructeur d'un volume vide (noir)

Parameters:

sizex - taille du volume en x

sizey - taille du volume en y

sizez - taille du volume en z

nbcolor - nombre de couleur

Method Detail

getSizex

public int getSizex()

Gets the sizex attribute of the ColorImage3D object

Returns:

The sizex value

getSizey

public int getSizey()

Gets the sizey attribute of the ColorImage3D object

Returns:

The sizey value

getSizez

public int getSizez()

Gets the sizez attribute of the ColorImage3D object

Returns:

The sizez value

getNbColor

public int getNbColor()

Gets the nbColor attribute of the ColorImage3D object

Returns:

The nbColor value

addColor

public boolean addColor(IntImage3D img)

ajoute une couleur a l'image3D si c'est possible

Parameters:

img - IntImage3D contenant les valeurs des pixels pour la couleur

Returns:

Description of the Return Value

addColor

public boolean addColor(ij.ImageStack img)

ajoute une couleur a l'image3D si c'est possible

Parameters:

img - ImageStack contenant les valeurs des pixels pour la couleur

Returns:

Description of the Return Value

setColor

public void setColor(IntImage3D img,
                     java.lang.String col)

met une couleur donnee a l'image3D

Parameters:

img - IntImage3D contenant les valeurs des pixels pour la couleur

col - couleur que l'on veut assigner (les couleurs connues sont dans ColorImage3D.tabcolor)

setColor

public void setColor(ij.ImageStack img,
                     java.lang.String col)

met une couleur donnee a l'image3D

Parameters:

img - ImageStack contenant les valeurs des pixels pour la couleur

col - couleur que l'on veut assigner (les couleurs connues sont dans ColorImage3D.tabcolor)

getColor

public IntImage3D getColor(java.lang.String col)

recupere une couleur donnee a l'image3D

Parameters:

col - couleur que l'on veut assigner (les couleurs connues sont dans ColorImage3D.tabcolor)

Returns:

IntImage3D contenant les valeurs des pixels de la couleur

getStack

public ij.ImageStack getStack()

recupere l'Image3D comme une ImageStack

Returns:

ImageStack contenant les valeurs des pixels de l'Image3D

medianFilter

public ColorImage3D medianFilter(int voisx,
                                 int voisy,
                                 int voisz)

filtre le volume grace a un filtre median 3D

Parameters:

voisx - rayon du voisinage en x

voisy - rayon du voisinage en y

voisz - rayon du voisinage en z

Returns:

Image3D contenant le volume filtre par un filtre median

tophatFilter

public ColorImage3D tophatFilter(int voisx,
                                 int voisy,
                                 int voisz)

Description of the Method

Parameters:

voisx - Description of the Parameter

voisy - Description of the Parameter

voisz - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

RH_Maxima

public ColorImage3D RH_Maxima(int R,
                              int H)

Description of the Method

Parameters:

R - Description of the Parameter

H - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

binarisation

public ColorImage3D binarisation(double seuil1,
                                 double seuil2)

Description of the Method

Parameters:

seuil1 - Description of the Parameter

seuil2 - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

ouverture3D

public ColorImage3D ouverture3D(int vx,
                                int vy,
                                int vz,
                                int ite,
                                boolean inverse)

Ouverture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

inverse - Convention inversee, objets blancs sur fond noir

ite - Taille de l'ouverture

vx - Description of the Parameter

vy - Description of the Parameter

vz - Description of the Parameter

Returns:

image modifiee

fermeture3D

public ColorImage3D fermeture3D(int vx,
                                int vy,
                                int vz,
                                int ite,
                                boolean inverse)

Fermeture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

inverse - Convention inversee, objets blancs sur fond noir

ite - Taille de la fermeture

vx - Description of the Parameter

vy - Description of the Parameter

vz - Description of the Parameter

Returns:

image modifiee

extendHisto

public void extendHisto()

extension de l'histogramme sur chaque couleur

snr3D

public int[] snr3D()

Description of the Method

Returns:

Description of the Return Value