ij3d.image3d
Class IntImage3D

java.lang.Object
  ij3d.image3d.Image3D
      ij3d.image3d.IntImage3D

public class IntImage3D
extends Image3D

3D images with integer values (8 or 16 bits)

Author:

Thomas BOUDIER & Cedric MESSAOUDI

Nested Class Summary

class

IntImage3D.MeanThread Description of the Class

Field Summary

Fields inherited from class ij3d.image3d.Image3D

BYTE, centerx, centery, centerz, FLOAT, max, mean, min, SHORT, sigma, sizex, sizey, sizez, stack, type, XAXIS, YAXIS, ZAXIS

Constructor Summary

IntImage3D(ij.ImageStack pile)
constructor from a ImageStack

IntImage3D(IntImage3D img2copy)

IntImage3D(int sizex, int sizey, int sizez)
constructor (black image)

IntImage3D(int sizex, int sizey, int sizez, int ty)
Constructor for the IntImage3D object

IntImage3D(int sx, int sy, java.lang.String d, java.lang.String[] f)
Constructor for the IntImage3D object, virtual

IntImage3D(RealImage3D img2copy)

Method Summary

IntImage3D	adaptiveFilter(float radX, float radY, float radZ) Variance Filter in 3D
Image3D	add(int s) Description of the Method
Image3D	addImage(IntImage3D img, float s) Adds a feature to the Image attribute of the IntImage3D object
IntImage3D	binarisation(int seuilb, int seuilh) binarisation de l'image, creation d'une image avec 255 si entre les deux seuils
IntImage3D	createLocalMaximaImage(int voisx, int voisy, int voisz, boolean keep) Création d'une image des maxima locaux dans un voisinage donne
IntImage3D	createLocalMaximaImage(int voisx, int voisy, int voisz, int th, boolean keep) Création d'une image des maxima locaux dans un voisiange donne
IntImage3D	dilatation3D(Image3D ker) Dilatation binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	dilatation3D(Image3D ker, boolean normal) Dilatation binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	dilatation3D(int voisx, int voisy, int voisz) Dilatation binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	dilatation3D(int voisx, int voisy, int voisz, boolean normal) Dilatation binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc
protected IntImage3D	dilatationConditionGris(IntImage3D base, int voisx, int voisy, int voisz) Dilatation par rapport a une image de base
IntImage3D	distanceMap3D(float radx, float rady, float radz, boolean inverse) 3D Distance Map by series of dilatation
IntImage3D	erosion3D(Image3D ker) Erosion binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	erosion3D(Image3D ker, boolean normal) Erosion binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	erosion3D(int voisx, int voisy, int voisz) Erosion binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	erosion3D(int voisx, int voisy, int voisz, boolean normal) Erosion binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc
void	extendHisto() extension de l'histogramme de l'image 8 bits
IntImage3D	fermeture3D(Image3D ker, int ite) Fermeture binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	fermeture3D(Image3D ker, int ite, boolean normal) Fermeture binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	fermeture3D(int voisx, int voisy, int voisz, int ite) Fermeture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	fermeture3D(int voisx, int voisy, int voisz, int ite, boolean normal) Fermeture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	fillHoles(int fond, int objet) Remplit les trous dans une image binaire
TabUtil	getColumn(int x, int y, int z) int donne une ligne de l'image3D
int	getCount(int sb, int sh) Gets the count attribute of the IntImage3D object
TabUtil	getHistogram() donne l'histogramme de l'image3D 16 bits
int	getMaximum() donne le maximum de l'image3D
int	getMean(int sb, int sh) Gets the mean attribute of the IntImage3D object
int	getMinAboveValue(int value) Gets the minAboveValue attribute of the FishImage3D object
int	getMinimum() donne le minimum de l'image3D
float	getPix(float x, float y, float z) Gets the pix attribute of the IntImage3D object
float	getPix(int x, int y, int z) Gets the pix attribute of the IntImage3D object
int	getPixel(float x, float y, float z) Gets the pixel attribute of the IntImage3D object
int	getPixel(int x, int y, int z) recupere la valeur du pixel de coordonnees (x,y,z)
int	getPixel(Point3D point, boolean interpolate) Gets the pixel attribute of the IntImage3D object
int	getPixel(Vector3D vector, boolean interpolate) Gets the pixel attribute of the IntImage3D object
double[]	getPixelMoments(int x, int y, int z, int radXY, int radZ) Gets the pixelMoments attribute of the IntImage3D object
TabUtil	getProf(int x, int y, int z) donne une ligne en Z dans l'image 3D
TabUtil	getRow(int x, int y, int z) donne une ligne de l'image3D
double	getSigma(int sb, int sh) Gets the sigma attribute of the IntImage3D object
ij.ImageStack	getStack() Gets the ImageStack associated with the 3D image
int	intersectionPixels(IntImage3D autre, int val, int valautre, Object3D obj, Object3D objautre) number of pixels of intersection in two images
boolean	isLocalMaximum(int x, int y, int z, float voisx, float voisy, float voisz) dit si le pixel donne est un maximum local avec un voisinage donne
IntImage3D	maximumFilter(float voisx, float voisy, float voisz) Filtre le volume grace a un filtre maximum 3D
IntImage3D	meanFilter(float voisx, float voisy, float voisz) Filtre le volume grace a un filtre variance 3D
IntImage3D	meanFilter(int voisx, int voisy, int voisz, int proc) Filtre le volume grace a un filtre moyen 3D
IntImage3D	medianFilter(int voisx, int voisy, int voisz) Filtre le volume grace a un filtre median 3D
IntImage3D	minimumFilter(float voisx, float voisy, float voisz) Filtre le volume grace a un filtre minimum 3D
IntImage3D	nbNeighbor(int obj) Number of neighborhood pixels
int	nbreConnexite2D(int val, int z) Description of the Method
IntImage3D	nlLaplacien(int voisx, int voisy, int voisz) Filtre Laplacien non linéaire (détection des contours)
IntImage3D	nonLinearLaplacianFilter(int voisx, int voisy, int voisz) Filtre Laplacien non linéaire autre version (détection des contours)
IntImage3D	ouverture3D(Image3D ker, int ite) Ouverture binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	ouverture3D(Image3D ker, int ite, boolean normal) Ouverture binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	ouverture3D(int voisx, int voisy, int voisz, int ite) Ouverture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc
IntImage3D	ouverture3D(int voisx, int voisy, int voisz, int ite, boolean normal) Ouverture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc
protected IntImage3D	projection(int val, int axe, int p1, int p2) Average projection
IntImage3D	projectionX(int val) Description of the Method
IntImage3D	projectionY(int val) Description of the Method
IntImage3D	projectionZ(int val) Description of the Method
IntImage3D	projectionZ(int val, int p1, int p2) Description of the Method
void	propagation(IntImage3D base, int abs, int ord, int prof, int val, int nval) Propagation of a value to connected pixels
void	propagation(int abs, int ord, int prof, int val, int nval) Propagation of a value to connected pixels
protected void	propagation2D(int abs, int ord, int prof, int val, int nval) Description of the Method
protected void	propagationConditionnelle(IntImage3D base, int abs, int ord, int prof, int val) Description of the Method
void	putPixel(int x, int y, int z, int value) donne une valeur au pixel de coordonnees (x,y,z)
protected IntImage3D	reconstruction(IntImage3D base) Description of the Method
void	replacePixelsValue(int val, int rep) Replace a pixel value by another
void	replacePixelsValue(int val, int rep, Object3D obj) Replace a pixel value by another within a specified object
IntImage3D	RH_Maxima(int R, int H) Méthode du RH maxima
IntImage3D	separateWatershed() Separate objects from an EDM image
void	setPix(int x, int y, int z, double value) Sets the pix attribute of the IntImage3D object
int	snr3D() Description of the Method
IntImage3D	sobelFilter() Sobel-like filtering in 3D
IntImage3D	tapper(int r0x, int r0y, int r0z) Tappering - smooth towards background
IntImage3D	tophatFilter(int voisx, int voisy, int voisz) Filtre Chapeau haut de forme pour faire ressortir des spots Ce filtre aplatit le bruit de fond
IntImage3D	varianceFilter(float voisx, float voisy, float voisz) Variance Filter in 3D
IntImage3D	watershed() Watershed algorithm starting with a seed image where seed > 0

Methods inherited from class ij3d.image3d.Image3D

computeMinMax, createKernelEllipsoid, crop, extract, getCenterX, getCenterY, getCenterZ, getFloatMaximum, getFloatMinimum, getMaxPixel, getMean, getNeighborhood, getNeighborhood, getNeighborhood3, getNeighborhoodKernel, getNeighborhoodLayer, getNeighborhoodSphere, getSigma, getSizex, getSizey, getSizez, getSumAbs, getType, insert, kill, radialDistribution, reset, split

Methods inherited from class java.lang.Object

clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

Constructor Detail

IntImage3D

public IntImage3D(int sizex,
                  int sizey,
                  int sizez)

constructor (black image)

Parameters:

sizex - size x of 3D image

sizey - size y of 3D image

sizez - size z of 3D image

IntImage3D

public IntImage3D(int sizex,
                  int sizey,
                  int sizez,
                  int ty)

Constructor for the IntImage3D object

Parameters:

sizex - Description of the Parameter

sizey - Description of the Parameter

sizez - Description of the Parameter

ty - Description of the Parameter

IntImage3D

public IntImage3D(int sx,
                  int sy,
                  java.lang.String d,
                  java.lang.String[] f)

Constructor for the IntImage3D object, virtual

Parameters:

sx - Taille x

sy - Taille y

d - répertoire

f - fichiers

IntImage3D

public IntImage3D(ij.ImageStack pile)

constructor from a ImageStack

Parameters:

pile - stack

IntImage3D

public IntImage3D(IntImage3D img2copy)

Parameters:

img2copy - the original 3D image to copy

IntImage3D

public IntImage3D(RealImage3D img2copy)

Parameters:

img2copy -

Method Detail

getStack

public ij.ImageStack getStack()

Gets the ImageStack associated with the 3D image

Overrides:

getStack in class Image3D

Returns:

The stack

medianFilter

public IntImage3D medianFilter(int voisx,
                               int voisy,
                               int voisz)

Filtre le volume grace a un filtre median 3D

Parameters:

voisx - rayon du voisinage en x

voisy - rayon du voisinage en y

voisz - rayon du voisinage en z

Returns:

Image3D contenant le volume filtre par un filtre median

meanFilter

public IntImage3D meanFilter(int voisx,
                             int voisy,
                             int voisz,
                             int proc)

Filtre le volume grace a un filtre moyen 3D

Parameters:

voisx - rayon du voisinage en x

voisy - rayon du voisinage en y

voisz - rayon du voisinage en z

proc - Description of the Parameter

Returns:

Image3D contenant le volume filtre par un filtre moyen

varianceFilter

public IntImage3D varianceFilter(float voisx,
                                 float voisy,
                                 float voisz)

Variance Filter in 3D

Parameters:

voisx - radius in x

voisy - radius in y

voisz - radius in z

Returns:

3D variance image

adaptiveFilter

public IntImage3D adaptiveFilter(float radX,
                                 float radY,
                                 float radZ)

Variance Filter in 3D

Parameters:

radX - radius in x

radY - radius in y

radZ - radius in z

Returns:

3D variance image

meanFilter

public IntImage3D meanFilter(float voisx,
                             float voisy,
                             float voisz)

Filtre le volume grace a un filtre variance 3D

Parameters:

voisx - rayon du voisinage en x

voisy - rayon du voisinage en y

voisz - rayon du voisinage en z

Returns:

Image3D contenant le volume filtre par un filtre variance

maximumFilter

public IntImage3D maximumFilter(float voisx,
                                float voisy,
                                float voisz)

Filtre le volume grace a un filtre maximum 3D

Parameters:

voisx - rayon du voisinage en x

voisy - rayon du voisinage en y

voisz - rayon du voisinage en z

Returns:

Image3D contenant le volume filtre par un filtre maximum

getPixelMoments

public double[] getPixelMoments(int x,
                                int y,
                                int z,
                                int radXY,
                                int radZ)

Gets the pixelMoments attribute of the IntImage3D object

Parameters:

x - x coordinate of pixel

y - y coordinate of pixel

z - z coordinate of pixel

radXY - Description of the Parameter

radZ - Description of the Parameter

Returns:

The pixelMoments value

minimumFilter

public IntImage3D minimumFilter(float voisx,
                                float voisy,
                                float voisz)

Filtre le volume grace a un filtre minimum 3D

Parameters:

voisx - rayon du voisinage en x

voisy - rayon du voisinage en y

voisz - rayon du voisinage en z

Returns:

Image3D contenant le volume filtre par un filtre minimum

tophatFilter

public IntImage3D tophatFilter(int voisx,
                               int voisy,
                               int voisz)

Filtre Chapeau haut de forme pour faire ressortir des spots
Ce filtre aplatit le bruit de fond

Parameters:

voisx - rayon du voisinage en x

voisy - rayon du voisinage en y

voisz - rayon du voisinage en z

Returns:

Image Filtrée

nlLaplacien

public IntImage3D nlLaplacien(int voisx,
                              int voisy,
                              int voisz)

Filtre Laplacien non linéaire (détection des contours)

Parameters:

voisx - rayon du voisinage en x

voisy - rayon du voisinage en y

voisz - rayon du voisinage en z

Returns:

Image Filtrée

nonLinearLaplacianFilter

public IntImage3D nonLinearLaplacianFilter(int voisx,
                                           int voisy,
                                           int voisz)

Filtre Laplacien non linéaire autre version (détection des contours)

Parameters:

voisx - rayon du voisinage en x

voisy - rayon du voisinage en y

voisz - rayon du voisinage en z

Returns:

Image Filtrée

dilatation3D

public IntImage3D dilatation3D(int voisx,
                               int voisy,
                               int voisz,
                               boolean normal)

Dilatation binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

voisx - voisinage en x

voisy - voisinage en y

voisz - voisinage en z

normal - Vrai si obj noir sur blanc, faux sinon

Returns:

image modifiee

dilatation3D

public IntImage3D dilatation3D(Image3D ker,
                               boolean normal)

Dilatation binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

normal - Vrai si obj noir sur blanc, faux sinon

ker - Le kernel (>0 inside kernel, 0 outside kernel)

Returns:

image modifiee

dilatation3D

public IntImage3D dilatation3D(int voisx,
                               int voisy,
                               int voisz)

Dilatation binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

voisx - voisinage en x

voisy - voisinage en y

voisz - voisinage en z

Returns:

image modifiee

dilatation3D

public IntImage3D dilatation3D(Image3D ker)

Dilatation binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

ker - Le kernel (>0 inside kernel, 0 outside kernel)

Returns:

image modifiee

erosion3D

public IntImage3D erosion3D(int voisx,
                            int voisy,
                            int voisz,
                            boolean normal)

Erosion binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

voisx - voisinage en x

voisy - voisinage en y

voisz - voisinage en z

normal - Vrai si obj noir sur blanc, faux sinon

Returns:

image modifiee

erosion3D

public IntImage3D erosion3D(Image3D ker,
                            boolean normal)

Erosion binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

normal - Vrai si obj noir sur blanc, faux sinon

ker - Le kernel (>0 inside kernel, 0 outside kernel)

Returns:

image modifiee

erosion3D

public IntImage3D erosion3D(int voisx,
                            int voisy,
                            int voisz)

Erosion binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

voisx - voisinage en x

voisy - voisinage en y

voisz - voisinage en z

Returns:

image modifiee

erosion3D

public IntImage3D erosion3D(Image3D ker)

Erosion binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

ker - Le kernel (>0 inside kernel, 0 outside kernel)

Returns:

image modifiee

ouverture3D

public IntImage3D ouverture3D(int voisx,
                              int voisy,
                              int voisz,
                              int ite,
                              boolean normal)

Ouverture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

voisx - voisinage en x

voisy - voisinage en y

voisz - voisinage en z

ite - Taille de l'ouverture

normal - Vrai si obj noir sur blanc, faux sinon

Returns:

image modifiee

ouverture3D

public IntImage3D ouverture3D(Image3D ker,
                              int ite,
                              boolean normal)

Ouverture binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

normal - Vrai si obj noir sur blanc, faux sinon

ker - Noyau (>0 inside kernel, 0 outside kernel)

ite - Description of the Parameter

Returns:

image modifiee

ouverture3D

public IntImage3D ouverture3D(int voisx,
                              int voisy,
                              int voisz,
                              int ite)

Ouverture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

voisx - voisinage en x

voisy - voisinage en y

voisz - voisinage en z

ite - Taille de l'ouverture

Returns:

image modifiee

ouverture3D

public IntImage3D ouverture3D(Image3D ker,
                              int ite)

Ouverture binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

ite - Taille de l'ouverture

ker - Noyau (>0 inside kernel, 0 outside kernel)

Returns:

image modifiee

fermeture3D

public IntImage3D fermeture3D(int voisx,
                              int voisy,
                              int voisz,
                              int ite,
                              boolean normal)

Fermeture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

voisx - voisinage en x

voisy - voisinage en y

voisz - voisinage en z

ite - Taille de la fermeture

normal - Vrai si obj noir sur blanc, faux sinon

Returns:

image modifiee

fermeture3D

public IntImage3D fermeture3D(Image3D ker,
                              int ite,
                              boolean normal)

Fermeture binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

normal - Vrai si obj noir sur blanc, faux sinon

ker - Noyau (>0 inside kernel, 0 outside kernel)

ite - Description of the Parameter

Returns:

image modifiee

fermeture3D

public IntImage3D fermeture3D(int voisx,
                              int voisy,
                              int voisz,
                              int ite)

Fermeture binaire 3D, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

voisx - voisinage en x

voisy - voisinage en y

voisz - voisinage en z

ite - Taille de l'ouverture

Returns:

image modifiee

fermeture3D

public IntImage3D fermeture3D(Image3D ker,
                              int ite)

Fermeture binaire 3D avec kernel, normalement les objets sont noir sur fond blanc

Parameters:

ker - Noyau (>0 inside kernel, 0 outside kernel)

ite - Description of the Parameter

Returns:

image modifiee

getPixel

public int getPixel(int x,
                    int y,
                    int z)

recupere la valeur du pixel de coordonnees (x,y,z)

Parameters:

x - coordonnee en x

y - coordonnee en yint

z - coordonnee en z

Returns:

valeur du pixel

getPixel

public int getPixel(Point3D point,
                    boolean interpolate)

Gets the pixel attribute of the IntImage3D object

Parameters:

point - Description of the Parameter

interpolate - Description of the Parameter

Returns:

The pixel value

getPixel

public int getPixel(Vector3D vector,
                    boolean interpolate)

Gets the pixel attribute of the IntImage3D object

Parameters:

vector - Description of the Parameter

interpolate - Description of the Parameter

Returns:

The pixel value

getPixel

public int getPixel(float x,
                    float y,
                    float z)

Gets the pixel attribute of the IntImage3D object

Parameters:

x - Description of the Parameter

y - Description of the Parameter

z - Description of the Parameter

Returns:

The pixel value

getPix

public float getPix(int x,
                    int y,
                    int z)

Gets the pix attribute of the IntImage3D object

Specified by:

getPix in class Image3D

Parameters:

x - Description of the Parameter

y - Description of the Parameter

z - Description of the Parameter

Returns:

The pix value

getPix

public float getPix(float x,
                    float y,
                    float z)

Gets the pix attribute of the IntImage3D object

Specified by:

getPix in class Image3D

Parameters:

x - Description of the Parameter

y - Description of the Parameter

z - Description of the Parameter

Returns:

The pix value

setPix

public void setPix(int x,
                   int y,
                   int z,
                   double value)

Sets the pix attribute of the IntImage3D object

Specified by:

setPix in class Image3D

Parameters:

x - The new pix value

y - The new pix value

z - The new pix value

value - The new pix value

putPixel

public void putPixel(int x,
                     int y,
                     int z,
                     int value)

donne une valeur au pixel de coordonnees (x,y,z)

Parameters:

x - coordonnee en x

y - coordonnee en y

z - coordonnee en z

value - valeur du pixel

binarisation

public IntImage3D binarisation(int seuilb,
                               int seuilh)

binarisation de l'image, creation d'une image avec 255 si entre les deux seuils

Specified by:

binarisation in class Image3D

Parameters:

seuilb - seuil bas

seuilh - seuil haut

Returns:

une Image3D contenant l'image binarisee

extendHisto

public void extendHisto()

extension de l'histogramme de l'image 8 bits

getMaximum

public int getMaximum()

donne le maximum de l'image3D

Returns:

la valeur maximum de l'image3D

getMinimum

public int getMinimum()

donne le minimum de l'image3D

Returns:

la valeur minimum de l'image3D

getMinAboveValue

public int getMinAboveValue(int value)

Gets the minAboveValue attribute of the FishImage3D object

Parameters:

value - Description of the Parameter

Returns:

The minAboveValue value

getMean

public int getMean(int sb,
                   int sh)

Gets the mean attribute of the IntImage3D object

Parameters:

sb - Description of the Parameter

sh - Description of the Parameter

Returns:

The mean value

getCount

public int getCount(int sb,
                    int sh)

Gets the count attribute of the IntImage3D object

Parameters:

sb - Description of the Parameter

sh - Description of the Parameter

Returns:

The count value

tapper

public IntImage3D tapper(int r0x,
                         int r0y,
                         int r0z)

Tappering - smooth towards background

Parameters:

r0x - radius x

r0y - radius y

r0z - radius z

Returns:

the tappered image

getSigma

public double getSigma(int sb,
                       int sh)

Gets the sigma attribute of the IntImage3D object

Parameters:

sb - Description of the Parameter

sh - Description of the Parameter

Returns:

The sigma value

getRow

public TabUtil getRow(int x,
                      int y,
                      int z)

donne une ligne de l'image3D

Parameters:

x - coordonnee en x du pixel de depart

y - coordonnee en y du pixel de depart

z - coordonnee en z du pixel de depart

Returns:

la ligne de pixel selon l'axe x

getColumn

public TabUtil getColumn(int x,
                         int y,
                         int z)

int donne une ligne de l'image3D

Parameters:

x - coordonnee en x du pixel de depart

y - coordonnee en y du pixel de depart

z - coordonnee en z du pixel de depart

Returns:

la ligne de pixel selon l'axe y

getProf

public TabUtil getProf(int x,
                       int y,
                       int z)

donne une ligne en Z dans l'image 3D

Parameters:

x - coordonnee en x du pixel de depart

y - coordonnee en y du pixel de depart

z - coordonnee en z du pixel de depart

Returns:

la ligne de pixel selon l'axe z

getHistogram

public TabUtil getHistogram()

donne l'histogramme de l'image3D 16 bits

Specified by:

getHistogram in class Image3D

Returns:

l'histogramme

isLocalMaximum

public boolean isLocalMaximum(int x,
                              int y,
                              int z,
                              float voisx,
                              float voisy,
                              float voisz)

dit si le pixel donne est un maximum local avec un voisinage donne

Parameters:

x - coordonnee en x du pixel

y - coordonnee en y du pixel

z - coordonnee en z du pixel

voisx - voisinage en x

voisy - voisinage en y

voisz - voisinage en z

Returns:

vrai si le pixel est maximum local dans le voisinage donne

createLocalMaximaImage

public IntImage3D createLocalMaximaImage(int voisx,
                                         int voisy,
                                         int voisz,
                                         boolean keep)

Création d'une image des maxima locaux dans un voisinage donne

Specified by:

createLocalMaximaImage in class Image3D

Parameters:

voisx - taille voisinage en x

voisy - taille voisinage en y

voisz - taille voisinage en z

keep -

Returns:

Image des maxima locaux

createLocalMaximaImage

public IntImage3D createLocalMaximaImage(int voisx,
                                         int voisy,
                                         int voisz,
                                         int th,
                                         boolean keep)

Création d'une image des maxima locaux dans un voisiange donne

Parameters:

voisx - taille voisinage en x

voisy - taille voisinage en y

voisz - taille voisinage en z

th - threshold image (255)

keep -

Returns:

Image des maxima locaux

addImage

public Image3D addImage(IntImage3D img,
                        float s)

Adds a feature to the Image attribute of the IntImage3D object

Parameters:

img - The feature to be added to the Image attribute

s - The feature to be added to the Image attribute

Returns:

Description of the Return Value

add

public Image3D add(int s)

Description of the Method

Parameters:

s - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

replacePixelsValue

public void replacePixelsValue(int val,
                               int rep)

Replace a pixel value by another

Parameters:

val - the value to be replaced

rep - the new value

replacePixelsValue

public void replacePixelsValue(int val,
                               int rep,
                               Object3D obj)

Replace a pixel value by another within a specified object

Parameters:

val - the value to be replaced

rep - the new value

obj - the object

intersectionPixels

public int intersectionPixels(IntImage3D autre,
                              int val,
                              int valautre,
                              Object3D obj,
                              Object3D objautre)

number of pixels of intersection in two images

Parameters:

autre - other image

val - pixel value

valautre - other pixel value

obj - object

objautre - other object

Returns:

number of intersecting pixels

dilatationConditionGris

protected IntImage3D dilatationConditionGris(IntImage3D base,
                                             int voisx,
                                             int voisy,
                                             int voisz)

Dilatation par rapport a une image de base

Parameters:

base - Image

voisx - taille voisinage en x

voisy - taille voisinage en y

voisz - taille voisinage en z

Returns:

Image dilatee

propagationConditionnelle

protected void propagationConditionnelle(IntImage3D base,
                                         int abs,
                                         int ord,
                                         int prof,
                                         int val)

Description of the Method

Parameters:

base - Description of the Parameter

abs - Description of the Parameter

ord - Description of the Parameter

val - Description of the Parameter

prof - Description of the Parameter

propagation

public void propagation(int abs,
                        int ord,
                        int prof,
                        int val,
                        int nval)

Propagation of a value to connected pixels

Parameters:

abs - x of the first point

ord - y of the first point

prof - z of the first point

val - value of the connected pixels

nval - value to propagate

propagation

public void propagation(IntImage3D base,
                        int abs,
                        int ord,
                        int prof,
                        int val,
                        int nval)

Propagation of a value to connected pixels

Parameters:

abs - x of the first point

ord - y of the first point

prof - z of the first point

val - value of the connected pixels

nval - value to propagate

base - Description of the Parameter

watershed

public IntImage3D watershed()

Watershed algorithm starting with a seed image where seed > 0

Returns:

The segmented image

separateWatershed

public IntImage3D separateWatershed()

Separate objects from an EDM image

Returns:

The segmented image with separated obects

reconstruction

protected IntImage3D reconstruction(IntImage3D base)

Description of the Method

Parameters:

base - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

RH_Maxima

public IntImage3D RH_Maxima(int R,
                            int H)

Méthode du RH maxima

Parameters:

R - Paramètre du rayon R

H - Paramètre de la hauteur H

Returns:

Image binarisée résultat

nbNeighbor

public IntImage3D nbNeighbor(int obj)

Number of neighborhood pixels

Parameters:

obj - Value of neighborhood pixels (including itself)

Returns:

Image with Number of neighborhood pixels

nbreConnexite2D

public int nbreConnexite2D(int val,
                           int z)

Description of the Method

Parameters:

z - Description of the Parameter

val - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

propagation2D

protected void propagation2D(int abs,
                             int ord,
                             int prof,
                             int val,
                             int nval)

Description of the Method

Parameters:

abs - Description of the Parameter

ord - Description of the Parameter

prof - Description of the Parameter

val - Description of the Parameter

nval - Description of the Parameter

distanceMap3D

public IntImage3D distanceMap3D(float radx,
                                float rady,
                                float radz,
                                boolean inverse)

3D Distance Map by series of dilatation

Parameters:

inverse - true for bright objects

radx - Radius of dilatation in x

rady - Radius of dilatation in x

radz - Radius of dilatation in x

Returns:

DistanceMap image, value=nb of dilatation to reach the pixel

projection

protected IntImage3D projection(int val,
                                int axe,
                                int p1,
                                int p2)

Average projection

Parameters:

val - Description of the Parameter

axe - Description of the Parameter

p1 - Description of the Parameter

p2 - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

projectionZ

public IntImage3D projectionZ(int val)

Description of the Method

Parameters:

val - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

projectionZ

public IntImage3D projectionZ(int val,
                              int p1,
                              int p2)

Description of the Method

Parameters:

val - Description of the Parameter

p1 - Description of the Parameter

p2 - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

projectionY

public IntImage3D projectionY(int val)

Description of the Method

Parameters:

val - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

projectionX

public IntImage3D projectionX(int val)

Description of the Method

Parameters:

val - Description of the Parameter

Returns:

Description of the Return Value

snr3D

public int snr3D()

Description of the Method

Returns:

Description of the Return Value

sobelFilter

public IntImage3D sobelFilter()

Sobel-like filtering in 3D

Returns:

The 3D filtered image

fillHoles

public IntImage3D fillHoles(int fond,
                            int objet)

Remplit les trous dans une image binaire

Parameters:

fond - niveau de gris du fond

objet - niveau de gris des objets

Returns:

image remplie